蛋白自帶好多小分子,對接的時候如何處理

蛋白自帶好多小分子,對接的時候如何處理

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殷賦云平臺-分子對接方案,智能化預測蛋白質、多肽、核酸與小分子間的相互作用,識別文末二維碼了解更多!

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A:請教蛋白自帶好多小分子,對接的時候怎么處理呢?

殷賦科技:對接時并不需要這些小分子,其用途只有一個——幫助定位口袋。因此,保存你需要的小分子,其他清除掉。但有一種情況例外,輔酶分子或類似作用的分子應當保留在受體中,因為它將作為受體的一部分與配體產生相互作用。

A:有的還帶有金屬離子~ 是不是也應該保留。

殷賦科技:看情況,跟配體有重要作用的保留,水分子也是。

 

B:請問已經篩選好小分子,想把這個小分子接到載體上,中間連一個間隔臂,這個間隔臂需要和小分子一起連上再一次與蛋白質做對接嗎?

殷賦科技:先問你,做對接的目的是什么?載體是這個蛋白嗎?Carrier-Linker-Ligand-Protein?

B:分子和蛋白對接,目的是定向固定化,分子得負載上載體,做定向吸附。載體不是蛋白,只是個樹脂之類,類似樹脂吸附酶。

殷賦科技:對接只是幫助你研究小分子與蛋白的相互作用,或者篩選小分子。既然已經篩選好了,那就做實驗得了。要研究小分子-蛋白的相互作用,就直接對接小分子與蛋白,間隔臂并不參與作用。

B:如果間隔臂鏈接小分子(即間隔臂分子和小分子合成在一起)對蛋白有作用呢?

殷賦科技:那就要接上,一起對接,你可以兩種情況都做,看看有什么區別。

 

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A:如果一個蛋白靶點 只有抗體,篩選小分子的時候,小分子是往口袋去跑,而不是蛋白與抗體作用的β折疊。這時候篩選的標準怎么搞?

殷賦科技:蛋白與抗體作用的β折疊,是指抗體上某個區域是個beta折疊,它跟蛋白有作用,你要篩選的分子不能作用在這里是嗎?

A:對的,因為這種“光滑”的區域 小分子基本不結合,小分子喜歡去有“溝洞“的地方。

殷賦科技:那就要看這個區域跟口袋什么關系了,這個嘛,當然,你定義口袋在哪就對接在哪咯。

A:現在篩選小分子的時候,不知道怎么設定標準了。

殷賦科技:那就跟折疊區沒有關系。

A:這個口袋不能確定的吧?

殷賦科技:那你要先確定啊。

A:沒有陽性化合物,怎么確定呢?

殷賦科技:沒有什么實驗現象實驗信息可以給你提示嗎?如果什么都沒有,就只能軟件預測了,《如何確定對接口袋》。

A:研究只有抗體。我們本來想法是抗體作用位點。

殷賦科技:假如就是在那個位置,那就跟折疊區沒有關系了,對接時不用什么考慮折疊區的標準。

A:小分子在那個位置基本沒幾個有相互作用。

殷賦科技:沒有氫鍵是嗎?

A:有的。

殷賦科技:那可以嘛。

A:那個位置在膜內,跨膜蛋白。

殷賦科技:那你不應該對接這個位置啊,你得想盡一切辦法先確定口袋,所有可能的口袋都試試,然后做實驗驗證。

殷賦科技:用什么軟件,vina嗎?

A:對,也用MOE了,主要還是用 MOE。

殷賦科技:用dock6啊。

殷賦科技:moe用來初篩就好。

殷賦科技:你不會只算了這個分子吧?

A:幾千個。

殷賦科技:那就用dock6再篩。

A:主要是篩選的標準。

殷賦科技:篩選標準很難說,初篩看打分就夠了。挑選1000個去算dock6,再挑100-200個人工分析。

A:那像這種口袋不確定的,只看打分嘛?

殷賦科技:這跟口袋沒有關系啊。

A:好。

殷賦科技:口袋你要盡可能的確定,不確定的就都做。

A:那我就去預測下。

殷賦科技:對于每個口袋,就這么對接、篩選。

A:那跨膜蛋白,膜外是不是好點。

殷賦科技:一般是作用在膜外,如果你覺得膜內、跨膜也有可能,就都做,優先測膜外的。

 

3

A:想請問下,用autodock對接,有硒代半胱氨酸怎么處理,顯示無法加電荷和識別。

B:共價對接還是非共價對接?

A:非共價對接。

B:粗糙一點,用標準的CYS進行對接,然后取合適的pose,將CSY改成硒代的非標準氨基酸,用力場進行優化。應該不會有很大的不同。

A:我現在是嘗試著對接,確實之后還涉及到評價對接效果,我做得轉氨酶。

B:這個也不影響你評價結果。

 

C:在autodock, set map types 時,配體和受體不在一起,請問大家是怎么調整的?

B:有個東西叫box,以及center與space來計算。

C:grid box是嗎?

B:對,他決定了在哪里搞grid。跟你的配體在沒在box里沒關系。

C:他們的相對位置不用考慮是嗎?

D:相對位置不用管,在對接的時候會將配體分子放置到盒子中去做構象采集。

 

4

A:請教各位大神,如果已知小分子有活性,但是受體上有很多已知的和潛在的未知作用位點,應該怎么預測分子是結合在哪個位點呢?

B:怎么知道有活性的。

A:蛋白實驗測出來的。

B:結合力嗎?

A:IC50。

C:直接做對接。

A:做了對接嘗試過,我覺得很難比較結果,幾個位點的打分相差不大。

D:多用幾個軟件,商業的,開源的,有很多的。能用的都用上。再多挑幾個晶體試試。

E:養共晶,或者定點突變。

A:實驗成本太大,所以想先通過模擬預測一個可靠的結果再用實驗驗證。

E:定點突變也可以在模擬上做。


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