有關化合物靶點的活性驗證探討

有關化合物靶點的活性驗證探討

 

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A:我設計的靶點化合物已經測完細胞活性,除了需要買蛋白回來測活性以外,還有沒有什么替代的方法來驗證活性?

B:你可以用生物物理的方法做親和力測試,或者生物化學的方法做酶的抑制率和IC50(如果你是要研究抑制劑的話)。

C:你要明確你的靶點,最好有這個靶點現有藥物的構效關系或者藥效團,然后再做結構改造,如果沒有的話稍微有些難度。

D:驗證活性?那就是分子水平,細胞水平還有動物水平。你做了細胞了,那就再做下蛋白,細胞水平很優異可以考慮動物水平。

A:靶點已知,目前覺得蛋白很貴,有點不舍得買,所以想看看有沒有別的方法替代。

C:很簡單,上動物。

A:目前從細胞來看我的藥物只對MCF-7細胞活性優異,其它細胞活性不怎么樣。

C:裸鼠移植瘤。

D:做乳腺癌啊!細胞活性優異,那也要做蛋白水平,不然機制不明確,發文章不好說清。

C:不應該先靶點,再做細胞么?

A:為了降低前期風險,所以我先測了細胞。其實都無所謂吧,如果是靶點設計。

E:你這排除不好,后期如果是脫靶的怎么辦?

A:脫靶了再想其它方法。

C:萬一你靶點活性不行,細胞有活性,你怎么解釋。

A:再做pcr驗證其它通路吧。

C:你不是藥化么,搞這些太復雜了!

A:得發文章呀。

C:結構修飾,靶點篩選,結構再優化。

F:你至少得證明你的藥物作用機制吧。

A:但是藥理也得做,所以我想問的是有沒有不需要買酶的方法下來驗證我藥物的靶點。

C:藥化的第一目標是要有活性,然后毒性低,機制可以放后面。

D:你說的沒錯,是做選擇性,但是靶標不明確的情況下可以用來找靶點。

C:反向對接。

A:我是基于靶點設計的,細胞實驗結果滿意。

E:先做酶活在考慮吧。

C:做一下靶點,做三個濃度,很便宜。比你自己做劃算多了,你自己還不一定做得出來。

A:可是我不想買酶。

F:嗯 沒錢就別做了。設計的小分子,說去哪兒就去哪兒,那好多研究都不用做了,科研就太簡單了。

C:我之前做的一個腫瘤項目,就沒做靶點,直接上的細胞。

F:我之前一個項目,也是直接上細胞,上動物。但是最后你反過來還得做靶點和機理。

B:測化合物活性,不要搞那么復雜,細胞水平活性基本就好了,如果知道靶點,就研究具體靶點活性如何。如果不知道靶點,呵呵了,就去搞什么蛋白WB啊、基因PCR等等,容易掉進去了,那是個無底洞的,很大可能是找不到靶點的,除非很有錢很有錢,還有大把大把的時間,就不是化學合成、藥物設計這塊的領域了,偏太遠了,在不知道靶點的情況下,適可而止,簡單做做細胞水平的細胞凋亡啊、細胞周期等等算了,不深入了,好好花時間去做自己擅長的,比如繼續設計化合物、優化化合物結構等提高細胞水平活性。

F:沒機理怎么發文章。

C:JMC也沒看到有多少機理的。藥化就是化合物QSAR和動物藥效,然后看體內藥代和毒性,這幾個都有,藥效好就行。

 

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A:動力學模擬中,小分子與蛋白氨基酸殘基之間共價連接部分反應原子和共價鍵(包括鍵長、鍵角)的力場參數和top文件是怎么生成的?

殷賦科技:amber官方教程有介紹,看看非標準氨基酸的構建。

C:如果你的分子不大,直接安裝非標準氨基酸進行處理。

A:嗯,謝謝!我之前有按照非標準氨基酸去處理,但可能是因為包含共價鍵連接,共價鍵的參數一直不能正確生成。

另外,如果我用QM/MM方法進行動力學模擬,QM區域限定為配體小分子和反應性殘基,不知道這樣是否可以計算出共價鍵生成對結合自由能大小的影響?QM區域的溶劑化自由能在QM/MM計算中又是如何評估的呢?

殷賦科技:共價結合的自由能,原理上還是計算共價結合前后的自由能差。amber可以計算qm自由能,看看手冊中關于mmpbsa的參數,至于共價結合,不知道能否應用。

A:是的,比如schrodinger對共價復合物結合自由能的計算就是采用這樣的方法,但是它并不能評估共價鍵的影響。

殷賦科技:那就斷開共價鍵,再計算一個自由能,就知道共價鍵的影響了。

D:我們是現做非共價對接。如果反應基團無法維持住夠長的時間,后面的都不用做了。反應基團與參與反應的氨基酸殘基靠的足夠近,維持時間夠長。

E:共價鍵用qm/mm計算完全沒有問題,但是成本巨大。qm/mm計算非常精細,給出很多細節。

A:是的,QM是完全可以計算出鍵的生產和斷裂所引起能量變化的,而且共價鍵的生產好像并不需要依靠時間的累積,條件允許有可能瞬間發生。就是不知道Amber QM/MM模擬計算GB結合自由能有沒有考慮鍵能。

 

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A:pymol能顯示鍵能嗎?

殷賦科技:不能。

A:您知道有什么方式嗎?

殷賦科技:我們平臺啊,對接后就有grid打分。如果你要精細研究單個鍵能,要用量化計算。

B:想請教一下預測的蛋白質3D 結構 根據1維預測3D 每個氨基酸坐標,有辦法評估一下預測的結果嗎?

殷賦科技:Ramachandra plot, ERRAT, Verify3D等等指標都可以評估蛋白質量。

C:請問一下有沒有對應pH下 氨基酸質子化狀態的預測網站?

殷賦科技:H++。

A:請教一下,跨膜蛋白做分子對接要加膜嗎?

B:不用帶膜 但需要膜內的構象。

 

A:求大神解答ligplot生成的圖沒辦法存成圖片,大家怎么解決的哦?

B:打印,會自動生成pdf保存,高清。

 

A:gromacs小分子拓撲用什么軟件生成啊?

B:可以用progrn,但需要翻墻。

C:prodrg,acpype。

 

A:化合物打氫譜碳譜都能對上,但是低分辨質譜沒找到想要的離子峰,請問這有可能嗎?

B:質譜響應不同,可能你的化合物質譜響應差,但微量的雜質質譜響應很強,就會掩蓋你化合物的離子峰。前陣子剛吃過這個虧,重新測了液質,才糾正了這個錯誤。

 

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